กองแผนงาน พัฒนามาจากหน่วยวิจัยสถาบัน ที่จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 31 มีนาคม 2518  โดยที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยครั้งที่ 3/2518 วันที่ 28 มกราคม 2518 รับหลักการให้มีหน่วยวิจัยสถาบันเป็นหน่วยงานในสำนักงานอธิการบดี และ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ได้แต่งตั้งนายอภิชัย พันธเสน  เป็นหัวหน้าหน่วยวิจัยสถาบัน ในเดือนเมษายน 2518 ต่อมาในปี พ.ศ.2520 มธ.ได้จัดตั้งกองแผนงานขึ้นตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัยเรื่อง การแบ่งส่วนราชการใน มธ.ลงวันที่ 19  กันยายน 2520 โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับพิเศษหน้า 50 เล่ม 94 ตอนที่ 91  วันที่ 30 กันยายน 2520 ในด้านการแบ่งส่วนงานในกองแผนงาน มธ. กำหนดให้หน่วยวิจัยสถาบันเป็นงานหนึ่งในจำนวน 6 งาน คือ งานวิจัยสถาบัน งานวิเคราะห์และประสานการวางแผน งานแผนงานงบประมาณ งานผังแม่บท งานรายงานและเผยแพร่ และงานคอมพิวเตอร์

     ปัจจุบันกองแผนงานมีโครงสร้าง และหน้าที่รับผิดชอบและการแบ่งส่วนงานเป็น 4 งาน และ 1 หน่วย คือ งานยุทธศาสตร์ สารสนเทศ และการประเมินผล งานวิเคราะห์และจัดทำงบประมาณ   งานพัฒนากายภาพ  งานสื่อสารองค์กร และหน่วยเลขานุการกอง

     จัดทำยุทธศาสตร์และแผนปฏิบัติงานระดับมหาวิทยาลัย ริเริ่มโครงการที่สอดคล้องกับนโยบาย ประสานงานเพื่อให้หน่วยงานดำเนินการตามนโยบานและและแผนฯ ติดตามประเมินผลการดำเนินงานของมหาวิทยาลัย จัดทำงบประมาณให้สอดคล้องกับยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัย วางแผนและกำกับการพัฒนาด้านกายภาพเพื่อสนับสนุนการปฏิบัติงานของมหาวิทยาลัย จัดทำฐานข้อมูลสารสนเทศเพื่อการบริหาร เพื่อใช้ในการปฏิบัติงานของมหาวิทยาลัย รวมทั้งการประชาสัมพันธ์เผยแพร่ข่าวสารของมหาวิทยาลัยให้สาธารณชนทราบ

"เป็นองค์กรที่เชี่ยวชาญด้านการวางแผน มีการบริหารจัดการที่โปร่งใส่ เป็นธรรม"